Yediğimiz yiyecekler, oldukları şekilde beden tarafından emilemezler. Sindirim sistemini meydana getiren çeşitli organların birlikte çalışması sonucu bu yiyecekler bağırsaklar tarafından emilebilen maddelere dönüştürülürler. Artıklar ise bedenden dışarı atılır.

Sindirim kanalı: Sindirim kanalı (tractus digestivus) 8-10metre uzunluğundadır ve ağızda başlayıp anüste (makatta) son bulur. Ağız ile anüs arasında hepsi aynı tür yapıya sahip olan yemek borusu, mide ve bağırsaklar bulunur. Bunların yapılarının aynı olması şaşırtıcı değildir. Zira hepsi de daha embriyonik gelişimin ilk evrelerinde oluşan tüp şeklinde bir boşluktan meydana gelirler. Bu farklı organlar, enlemesine genişleme, bükülme, daralma ve şişme yoluyla kendilerine özgü şekillerini alırlar. Bu organlarda içten dışa doğru bir mukoza tabakası, bağ dokusu (mukoza altı), kas dokusu ve bir miktar daha bağ dokusu bulunur. Önemli olan kas tabakası iç tarafta bir büzücü kas tabakası ve bu büzücü kasları uzunlamasına örten kas lifleri tabakasından meydana gelir. Peristalsis ile yani kanalın bir daralıp bir genişlemesini sağlayan dalgalar halindeki solucansı hareketlerle, yiyeceklerin yoğrulup, ileriye itilmesi bu iki kas grubunun işbirliği ile sağlanır.

Ağız: Dişlerin ve dilin yardımı ile ağız, yiyeceklerin dişler arasında gidip gelerek öğütülmesini ve tükürük ile karıştırılmasını sağlar. Bu çiğneme işlemi alt çenenin (mandibula) hareketiyle başarılır. Tükürük, üç çift bez tarafından salgılanan renksiz bir sıvıdır. Yiyecek ve içecekler ağzın arka tarafında gider gitmez, otomatik olarak yutma hareketi yapılır. Bu hareketin sonucunda yiyecekler yutaktan geçerek yemek borusuna gider. İstediğimiz herhangi bir zamanda da yutkunabiliriz fakat genellikle arka arkaya birkaç kez yutkunduktan sonra tükürüğün tümünün bitmesi nedeniyle yutkunmaya devam edemeyiz. Yemek borusu (özafagus) acıya karşı kısmen duyarsız bir borudur; göğüs boşluğunun arkasından geçerek diyafragmadaki bir açıklıktan karına girer ve midede son bulur.

Mide: Sindirim kanalının genişlemiş, bir torba şeklindeki bölümü olan mide (gaster) karın boşluğunun sol üst bölümünde yer alır. Yemek yedikten sonra çoğu zaman, midenin üst tarafında yemek borusunun girdiği yerin üstünde bulunan yerde (kardiya) bir hava kabarcığı oluşur. Eğer hava kabarcığı yemek borusundan kaçarsa geğirme meydana gelir (ruktus). Mide suyunu salgılayan mide bezleri (peptik bezler) mide mukozasında yer alırlar. Mide yiyecekler için geçici bir depo görevi yapar. Yiyecek ile dolduğunda, bu yiyeceklerin sindirilebilmeleri için kasılıp gevşeyerek onların yoğrulması ve mide suyu ile karışmasını sağlar. Bu işlemin sonucunda yarı sıvı bir madde elde edilir. Bu madde azar azar ince bağırsağa geçer. Mideyi onikiparmak bağırsağından ayıran büzücü kasa pilor kapakçığı denir.

İnce bağırsak: İnsandaki sindirim kanalının en önemli öğesi ince bağırsaktır. Sindirim işleminin çoğu orada olur ve sindirim ürünleri de oradan kan ve lenf damarları aracılığı ile beden tarafından emilebilirler. Ölümden sonra yani kas geriliminin artık var olmadığı durumda, ince bağırsağın çapı 3 cm, uzunluğu ise 5-6 metredir. İnce bağırsak, hemen hemen 12 parmak kadar uzunluğu olan duodenum, jejunum (boş bağırsak) ve ileumdan meydana gelir. Safra yolu ve pankreas duodenuma boşalırlar. Jenunuma "boş bağırsak" adı verilmesinin nedeni ölümden sonra bağırsağın bu bölümünün boş olmasıdır. Emmeyi kolaylaştırmak için ince bağırsağın yüzey alanı son derece geniştir. Bağırsağın, Kirkring katları adı verilen enine kas katları vardır.

Karında belli bir yeri olmayan jejunum ve ileumun aksine, ince bağırsaktan kalın bağırsağın geçiş noktası her zaman karının sağ alt tarafındadır. Bu noktadaki Bauhin kapakçığı (valvula Bauhini) yiyeceklerin kalın bağırsaktan geriye akmalarını önler. Kalınbağırsak yaklaşık olarak bir buçuk metre uzunluğundadır ve körbağırsak (çekum) ile kolondan meydana gelir. Körbağırsak, ince bağırsağın bittiği noktanın alt tarafında yer alır. Körbağırsağın altından 5-10cm uzunluğunda tüp şeklinde bir uzantı (vermiform appendix, apandis) sarkar. İşlevleri hiç bir şekilde açıklığa kavuşmamış olan bu solucanımsı uzantının duvarları lenf dokusu yönünden zengindir. Kolon, sağ tarafta yukarıya doğru çıkar ve karında enlemesine doğru ilerledikten sonra sol tarafta aşağıya inerek sindirim kanalının en alt bölümü olan rektumda son bulur. Rektumun en alt noktası ise anüstür. Anüs iki tane büzgen kas tarafından kapanır. İçteki büzgen kaslar üzerinde bizim hiçbir kontrolümüz yoktur, dıştaki büzgen kasları ise kontrol edebiliriz.

Kalınbağırsakta yaşayan sayısız bakteriye barsak florası adı verilir. Çoğunlukla bu bakteriler birbirlerini dengelerler. Bağırsak florasının önemli bir görevi K vitamini gibi vitaminleri üretmesidir. Bağırsaklarda sıvısı alınmış maddeler kalınbağırsakta her gün dışkının 0.15L'sini oluştururlar.

Su ve yiyecekler artıklarının yanı sıra dışkı, safra pigmentleri (boya maddeleri), mukus, barsak duvarının ölü hücreleri ve ölü bakterileri içerir. Bu nedenle perhiz yapan kişilerde bile az da olsa bir miktar dışkı meydana gelir. Dışkıyı koyu kahverengi yapan safra pigmentleridir. Çoğu zaman kalınbağırsakta biraz da gaz olur. Bu gaz genellikle barsak florası tarafından meydana getirilmekteyse de yiyecekler ile yutulan havaya bağlı olarak da ortaya çıkabilir. Gaz anüsten dışarıya çıkar. Gazın bağırsakta hareket etmesi gurultu sesine (borborigmus) neden olabilir. Bağırsaktaki maddeler burada sekiz ile on iki saat kaldıktan sonra Peristaltik hareketlerle (solucansı hareketlerle) rektuma itilirler ve bu da dışkı gereğinin hissedilmesine yol açar (defekasyon dürtüsü).

Yetişkin insanların karaciğeri ortalama 1.5kilo ağırlığındadır ve bedendeki en büyük organdır. Karın boşluğunun sağ üst tarafında, kısmen birleştiği diafragmanın hemen altındadır. Genellikle karaciğer kaburgaların altında bir çıkıntı yapmaz. Doktorlar karaciğerin boyutlarını elle vurarak ve dokunarak (palpasyon) saptayabilirler. Karaciğerin alt yüzeyinde karaciğer "girişi" vardır (porta hepaticus). İki kan damarı buradan karaciğere girer bunlardan birisi karaciğer atardamarı (arteria hepatica) diğeri ise karaciğer toplardamarıdır (vena portae). Her iki kan damarından da gelen kan, karaciğer toplardamarı tarafından (vena hepatice) karaciğerden alınır ve alt vena cava'ya götürülür. Karaciğer hücrelerinin salgıladığı safrayı bağırsağa boşaltan karaciğer kanalı karaciğer girişindeki ana kan damarlarına yakın bir yerdedir.

Karaciğer kanalının kistik kanal adı verilen bir yan kanalı vardır (cysticus, kese kanalı). Bu kanal genişleyerek safra kesesini meydana getirir. Bu yan kanalı geçtikten sonra karaciğer kanalı, safra kanalı olarak (ductus choledochus, kaledok kanalı) yoluna devam eder onikiparmak bağırsağına gider. Safra kesesi safra için geçici bir depo görevini yapar. Bu depolanma sırasında safra koyulaşır ve rengi sarıdan koyu kahverengimsi yeşile döner

Karaciğer, bedenin en önemli organları arasında sayılır. Karaciğer olmadan yaşayamayız dersek abartmış olmayız. Bu organın en önemli işlevleri şunlardır:

1. Metabolik işlevler: Karaciğer karbonhidratların, proteinlerin ve yağların metabolizmasında önemli bir rol oynar.

2. Safra üretimi (yaklaşık olarak günde 1litre): Başlıca sudan meydana gelen safrada başka maddelerin yanı sıra, yağları sindirmeye yarayan glikolik asitler, safra tuzları ve safra pigmentleri bulunur.

3. Zehirlenmeye karşı etki: birçok zararlı madde kandan karaciğer yoluyla alınır ve burada daha az zehirli ve bedenden daha kolay atılabilecek bileşimlere ayrılırlar.

4. Karaciğer, kanın pıhtılaşma sürecinde rol oynayan maddeleri üreterek bu mekanizmayı düzenler.