Sindirim olayı bir şey yer yemez başlar, ince bağırsak sindiriminin meydana geldiği başlıca bölgedir. Farklı besinler orada birbirinden ayrılır, bedenin yapı taşları için gerekli olan maddelere orada ayrılırlar ve bağırsak duvarından geçerek beden tarafından emilebilirler. Sindirim sürecine enzimler aracılık eder. Tükürük, mide, pankreas ve bağırsak salgı hücreleri tarafından üretilen protein molekülleri yani enzimler, sindirilmek üzere bekleyen yiyeceklere katılırlar. Bedenin üç ana besini olan proteinler, şekerler ve yağların sindirimleri ise tamamen farklı bir biçimde gerçekleşir.

Tüm canlı organizmaların hücrelerinin, yaşayabilmek ve çalışabilmek için yakıt ve yapı taşlarına gereksinimi vardır. Bu maddelerin ise kullanılmadan önce, hücre duvarını geçebilecek bir şekle dönüşmüş olmaları gereklidir. Fakat hücre zarları aynı zamanda hücreleri zararlı maddeler ve saldırgan hücrelere karşı korumakla da yükümlüdür. Bu nedenle hücre zarından yalnızca en basit yapı taşı moleküllerinin geçmesine izin verilir, daha karmaşık maddelerin ise hücreye girmeleri önlenir. Hücrenin içinde bu basit yapı taşları yeniden hücre için gerekli olan karmaşık maddelere çevrilirler. Görüldüğü gibi yiyeceklerin herhangi bir organizma tarafından kullanılabilmesi için ilk önce en basit öğelere ayrılmaları gerekir. Bu sürece sindirim adı verilir. İnsanda ve tüm gelişmiş hayvanlarda sindirim sistemini oluşturan sindirim organları vardır. İnsanlarda bu sistem ağız, boğaz, yemek borusu ve en önemlisi mide ve bağırsaklardan meydana gelir. Mide ve bağırsaklarda karmaşık maddeler yapı taşı moleküllerine ayrılırlar. Yalnızca bu moleküller bağırsak duvarını emilme yoluyla geçerek bedene girebilirler. Ya kana ya da lenfe (akkan) karışırlar. Bağırsaktan gelen kan hemen bedendeki diğer kan ile karışmaz. İlk önce kapı toplardamarında da toplanır ve karaciğere götürülür. Kandaki maddeler burada karaciğer hücrelerine geçer. Karaciğer hücreleri zehirli maddelerin etkisini ortadan kaldırma ve bedenin gereksiniminden fazla olan maddeleri depo etme yeteneğine sahiptir. Normal olarak karaciğer yalnızca bedenin gereksinme duyduğu yapı taşlarının içeriye girmesine izin verir. Daha sonra bu yapı taşları kan aracılığı ile onları kullanabilecek olan tüm beden hücrelerine taşınırlar.

Yiyeceklerin sindirimi çoğu zaman yapı taşlarını birbirine bağlayan kimyasal bileşimlerin ardı ardına parçalanarak daha basit maddelere çevrilmeleri ile sağlanır. Parçalanma bölgesindeki bileşimlerdeki herhangi bir eksiklik çoğu zaman su molekülleri (HOH bileşimi, iki hidrojen bir oksijen) i tarafından doldurulur. Gediğin bir tarafına su molekülünün OH bölümü, diğer tarafına ise geride kalan H bölümü bağlanır.

B-B+HOH BH +BOH; B yapı maddelerini temsil eder.

Bu süreç hidroliz reaksiyonu olarak adlandırılır. Hidroliz reaksiyonlarını ve bedendeki diğer reaksiyonlarını ve hızlandırmak için tüm yaşayan varlıklar enzim üretirler. Enzimler, yapılan kalıtımla saptanan protein molekülleridir. Bir enzimin etkin olduğu yani gerçek reaksiyonların meydana geldiği bölgeyi ayırt edebilmek çoğunlukla olasıdır.

Enzimin geri kalan bölümü, etkin bölgenin etrafında bir tür kafes oluşturarak, etkin bölüme kafesin açıklıklarından hangi maddelerin girip hangilerinin giremeyeceğini saptar. Bu nedenle tüm enzimlerin özel bir biçimde çalışıyor olmaları gerekir. En etkili enzimleri çoğu, bezler tarafından, henüz etkin olmayan ve ancak midede ya da bağırsakta gerek duyulduğu zaman etkinleşecek enzim öncesi (proenzim) şeklinde salgılanırlar.

Enzimler tükürük bezleri, mide ve bağırsak duvarının bezleri ve pankreas bezininki gibi hücreler tarafından üretilir. Bu bezler kısmen sinir akımları ile uyarılırlar. İştah açıcı bir yiyecek görmek ya da koklamak ağzımızın tükürük ile dolması için yeterlidir.

Tükürük salgılamaya başladığımız anda mide suları da salgılanmaya başlar.

Mide suyu diğer şeylerin yanı sıra, mukus, enzimler ve hidroklorik asit içerir. Yiyecek mideye girdiğinde, midenin gerilmesi daha fazla mide suyunun salgılanmasına yol açar. Alkol ve et suyu gibi uyarıcı yiyecek ve içecekler mide duvarındaki belirli bazı hücreleri hareket geçirerek, bunların gastrin üretmesini sağlayabilirler. Kan tarafından taşınan bu hormon, mide duvarının hücrelerine varır ve onları uyararak daha fazla hidroklorik asit (mide asidi) salgılamalarına yol açar. Hidroklorik asidin kendisi ise yiyeceklerdeki su moleküllerini ayrıştırarak bunların parçalanmasını sağlar ve böylece de enzimlerin etkililiğini arttırır.

Yiyeceklerimizdeki şekerlerin çoğu monosakarid (şekerin yapı taşı) zincirlerinin meydana getirdiği polisakaridlerdir. Polisakaridler birkaç özel enzim tarafından parçalanırlar. İnsan tükürüğünde amilazlar bulunur (nişastayı çeviren enzimler) bulunur. İkili sakaridler (disakaridler) her defasında iki yapı taşı biriminin ortaya çıktığı değişik aşamalarda parçalanırlar. Bunlar, maltaz, sükraz ve lâktaz gibi daha çok ince bağırsakta bulunan enzimler tarafından da ayrıca ayrıştırılır. İnce bağırsakta salgılanan glikoz, fruktoz ve galaktoz gibi monosakaridler sonunda bağırsaklar tarafından emilir ve karaciğere taşınırlar.

Gerekenden fazla olan şekerler karaciğerde depo edilebilir. Amilazlar nişastayı ayrıştırılabilir ama bitkilerde bulunan ve sindirilmesi olanaksız bir polisakarid olan selülozu ayrıştıramazlar. Bu nedenle selülozlar sonunda dışkıya karışıp bedenden ayrılırlar. Hücre zarlarını zayıflatmak ve böylece hücrenin içindeki maddeden bedenin yararlanmasını sağlamak için bazı sebzelerin pişirilmeleri gereklidir.

Pişirme sonucu sebze hücrelerindeki su molekülleri ayrılır ve hücre parçalanır. Bazı bağırsak bozuklukları ya da doğuştan olan hastalıklar başta lâktaz olmak üzere sakaridleri parçalayan enzimlerde (disakaridler) eksikliğe yol açabilir. Böyle bir durum, sütten üretilen maddelerde çoğunlukla bulunan laktoz adlı disakaridin (süt şekeri) sindirilmesine neden olur. Sonuç olarak laktoz kalın bağırsağa girer ve orada bakteriler tarafından ishale yol açan laktik aside çevrilir. Bu durum süte tahammülsüzlük olarak adlandırılır.

Yağlar ve yağlı maddeler suda erimezler. Bağırsaklarda parçalanabilmeleri için yağı sübye haline getirecek, suda çözülebilen, yağ yıkıcı enzimin (lipaz) bunlar üzerinde etkisini gösterebileceği küçük parçalara ayrılmalarını sağlayacak bazı maddelere gerek vardır. Karaciğerden ince bağırsağa akan safranın bileşiminde bulunan önemli maddelerden birisi glikokolik asittir. Glikokolik asit karaciğerde kolesterolden meydana gelir. Yağlar, genellikle üç yağ asidinin bağlı olduğu, glisorel adı verilen küçük bir merkezi molekülden ibarettir. Pankreasta üretilen lipaz, gliserol ile yağ asitleri arasındaki bağları kırar. Yağların emilmeleri için tam olarak sindirilmelerine gerek yoktur. Gliserolden oluşan yağlı zerrecikler, yağ asitleri ve glikokolik asit kalın bağırsakta hep birlikte bir paket şeklinde emilirler. Bu paketlerden bağırsak mukozasında yeni, belirli bazı yağlar yapılır. Bu yağlar ise kan değil lenfler aracılığı ile taşınır ve göğüs kanalına dökülürler. Yağlar bağırsağa girdiğinde bağırsak mukozasını uyararak kolesistokininin serbestleşmesine yol açarlar. Bu hormon da safra kesesini uyararak depolanmış olan safranın salgılanmasına neden olur.

Bunların yanı sıra enterogastron hormonu da salgılanır. Bu hormon ise midenin etkinliğini kısıtlayarak midenin çok yavaş boşalmasına yol açar. Başka bir deyişle konuşma dilinde söylediğimiz gibi, yağlı yiyecekler midemize de otururlar. Bunu bilmek özellikle önemlidir, zira yeteri derecede parçalanmamış olan bir yağ tabakası diğer yiyeceklerin ve özellikle de proteinlerin sindirimini engeller. Bu nedenle yeterli miktarda safra olmaması sadece yağların değil aynı zamanda proteinlerin sindirimini de olumsuz yönde etkiler. Gerekenden fazla olan glikokolik asitler sonunda ince bağırsağın alt yarısında emilirler ve kapı toplardamarlar aracılığı ile karaciğere taşınarak, orada yeniden safraya katılırlar (enterohepatik siklus).

Proteinler ya da peptidler bedenin gerçek yapı taşları olan aminoasitlerden meydana gelir. Proteinleri parçalayan eksopeptidaz ile endopeptidaz arasında fark vardır. Eksopeptidaz, proteinlerdeki aminoasitleri molekülün uçlarından başlayarak bir bir yıkar. Endopeptidaz ise zincirleri belli bir noktada kırma özelliğini taşıyan bir enzimdir. Pepsin, tripsin ve kimotripsin gibi önemli enzimler proenzim (inaktif halde bulunan ve başka maddelerin etkisi ile enzime dönüşen) pepsinojen (midede), tripsonejen ve kimotripsinojen (pankreasta) şeklinde salgılanırlar. Mide duvarı tarafından salgılanan pepsin ve de katepsin, en etkin olarak midenin güçlü asit muhtevası (kimüs) içinde çalışır. Tripsin ve kimotripsin ise mide muhtevası nötürleştirme işlemi safra ile sodyum bikarbonat içeren pankreatik sıvı tarafından başarılır. Mideden çıkıp ince bağırsağa gelen kimüs (yarı sindirilmiş yiyecekler) mukazoyı uyararak sekretin salgılanmasına yol açar. Kan aracılığı ile pankreasa giden bu hormon pankreatik sıvının salgılanma işlemini harekete geçirir. Enzimlerin etkinlikleri sonucu serbestleşen aminoasitler bağırsaktaki çıkıntılar tarafından emilir ve kapı toplardamarındaki kan tarafından karaciğere taşınır. Karaciğerde aminoasitlerden belirli kan proteinin sentezi yapılır. Diğerleri bedenin diğer yerlerindeki hücrelerinin gereksinimi olduğunda kullanılmak üzere kanda kalırlar. Aminoasitler için bir depolama yeri yoktur. Bu nedenle gereğinden fazla olan aminoasitler karaciğerde kalır ve burada hızla yıkılırlar.