Bedenin bağışıklıkla korunması antikorların (salgı savunması) ve T-lenfositleri diye adlandırılan akyuvarların (hücre savunması) oluşması ile ortaya çıkar. Savunma mekanizmasının ana karnındaki bozuklukların da hem salgı ve hem de hücre savunması etkilenebilir. Bu bozukluklar çok önemlidirler. Enfeksiyonlara karşı korunmadan yoksun oldukları için böyle bir bozukluğu olan genç insanlar genellikle iki yıl içinde ölürler. Yaşlılıkta, savunma mekanizmasında düşüş görülür; özellikle büyük miktarda protein kaybına yol açan hastalıklarda (çünkü antikorlar proteindir) veya bazı kanser vakalarının son zamanlarında. Burada da yine enfeksiyon öldürücü olabilir. Birçok hastalıklarda, normal antikorlar yerine anormal antikorlar (paraprotcinler) ürer ve enfeksiyonlara karşı koymada bir düşüş görülür. Buna örnek Kahler hastalığı, Waldenstroem hastalığıdır. Paraproteinler pek çok kanser türünde ortaya çıkarlar. Eğer yalnız hücre savunması yetersizse ve salgı savunması tam olarak varsa virüs ve mantar enfeksiyonlarına duyarlılık artar. Bugün için hücre yetersizliklerinin tam bir tedavisi bilinmemektedir. Salgı yetersizliğinde, hastaya bazen eksik olan antikorları içeren anti serum enjeksiyonları ile yardım edilebilir.

- Yabancı antijenin (heterolog antijen), neden olduğu önemli reaksiyon: bu reaksiyona alerjik reaksiyon ve antijene de alerjen denir. Kedi tüyü, derinin pulları, çiçek tozları, ilaçlar, besin maddeleri bu reaksiyonları doğurabilirler.

- Başka bir kişinin antijeninin (homolog antijen), yarattığı reaksiyon. Her insanın kendine özgü antijenleri vardır ve bunlar diğer kişilerde reaksiyon doğurabilirler. Bu reaksiyonlar organ nakillerinde ve kan verme konularında çok önemlidir. Çünkü kan verme veya organ ve doku nakillerinde kişinin kendi proteinlerinden başka proteinler bedene sokulur. Bunlar yabancı madde olarak tanındıklarından antikorlarla T-lenfositlerinin saldırısına uğrarlar. Bu da nakledilen dokunun ölmesine yol açar (transplantasyon reaksiyonu).

- Bedenin kendi antijenine reaksiyon göstermesi (otolog antijen): bu durumda, bedenin kendi bileşimlerinden birine karşı reaksiyon olur ve o zaman otoimmün hastalık söz konusudur.

İstenmeyen immünopatolojik reaksiyonlar, genellikle, hormon bileşimleri ile (streoitler) veya bazı özel immünosüpresiflerle bastırılır. Fakat bunlar da bedenin enjeksiyonlara karşı savunmasını etkilerler.

Birçok alerjik hastalık, herkeste reaksiyona yol açmayan bazı maddelerle karşılaşma sonucu ortaya çıkan bağışıklık hastalıkları olarak açıklanır. Alerji, sözcük olarak değişik reaksiyon anlamına gelir. Bazen aşırı duyarlılıktan söz ederiz.

Eğer bir kişi belli bir maddeye az bir reaksiyon gösteriyorsa, bu alerji değildir. Örneğin, bir kişi klora diğerinden daha duyarlıdır, fakat herkes klora aynı ölçüde olmasa bile aynı yönde reaksiyon gösterdiğinden bu bir alerji değildir. Normal bağışıklık, reaksiyonlarında olduğu gibi, alerji yapan maddelerle ilk karşılaşmada, np reaksiyonu ortaya çıkar. İlk olarak antikorların ve savunma hücrelerinin oluşması gerekir. Bu olaya duyarlılık kazanma denilir. Bundan sonraki karşılaşma alerjik reaksiyona neden olur. Bazen reaksiyonun zirvesine hemen varılır (doğrudan reaksiyon), bazen de birkaç gün geçebilir (gecikmiş reaksiyon). En iyi bilinen alerjik hastalıklı yaz ve ilkbahar aylarında solunumla alınan çiçektozlarının neden olduğu saman nezlesidir. Bu reaksiyonda, karşılaşma halinde histamin salan hücre rol oynarlar. Histamin, yakınındaki kılcal damarların genişlemesine yol açar ve kan damarlarının duvarlarını da geçirgen yaparak sıvının doku içerisine geçmesini sağlar. Böylece, histamin doku içinde hızla gelişen bir iltihap yapar. Çiçek tozuna ek olarak, bu özel reaksiyonu doğuran daha birçok madde vardır. Histamin salan alerjenler kanda dolaşırlarsa bedenin her yanında etkisini gösterirler ve bu etki yalnız bu maddelerle temas eden ilk yerde kalmaz. Bu iki çeşit reaksiyon anafilâksi ve atopi diye ayrılır. Bunların belirtileri, etkileri histamininkine ters olan bazı ilâçlarla ortadan kaldırılabilir (antihistaminik). Bu ilâçlar aynı zamanda histamin salgılanmasını da yavaşlatır. Kuşkusuz en etkin olanı alerjenle karşılaşmanın önlenmesidir. Genellikle alerji yapan maddeyi ayırma çok zordur. Alerji yapma olasılığı olan yüzlerce madde vardır. Atopide duyarlılık giderilebilir. Bu durumda hastaya giderek artan dozlarda alerjen verilerek aşırı duyarlılık ortadan kaldırılır. Anafilaksi, atopinin oluşmasındaki gibi doğrudan bir alerjik reaksiyondan doğar. Belirtiler yalnızca derinin kaşınması, şişmesi ve su toplanması (Quinck hastalığı) şeklinde olabilir. Çok daha ciddi bir anafilâktik reaksiyonda bedendeki kılcal damarlar o denli genişler ki, öldürücü şok meydana gelebilir (anafilatik şok).

Gecikmiş alerjik reaksiyonlarda hiç histamin salınmaz ancak etkilenen kısımda zamanla toplanan T-lenfositlerinin yarattığı bağışıklık reaksiyonu oluşur.

Salgılanan maddeler diğer hücreleri yardıma çağırdıklarından (hücresel savunma reaksiyonu) T-lenfositleri dolaylı olarak doku iltihaplanmasına yol açarlar. Duyarlılığın ortadan kaldırılması olanaksızdır. Ancak bazı ilâçlar, iltihaplanmayı azaltarak rahatlık sağlarlar. Alerjiye bazen bakteriler neden olur. Sık görülen enjeksiyonlardaki birçok iltihaplanma belirtileri benzer olaylar sonucu görülür. Yoksa bakterilerin veya salgıladıkları toksik maddelerin doğrudan etkisi ile oluşmazlar. Bu tür alerji bazı ilaçlar (antibiyotikler) veya kimyasal maddeler nedeniyle bedenin bazı bölgelerinde temas egzaması şeklinde görülür.